Средняя школа № 41 открыта решением исполнительного комитета Владивостокского городского совета депутатов трудящихся № 295 от 18 июня 1951 года. Работа школы в режиме инновационной деятельности началась в 1992 году. В 1998 году присвоено звание «Школа года 98» В 1999 году школе был присвоен статус «Средний общеобразовательный многопрофильный лицей № 41», в 2000 году – статус «Лицей № 41 г. Владивостока». Лицей имеет почетное звание «Школа века». Дважды Лицей являлся победителем конкурса учреждений, внедряющих инновационные технологии приоритетного национального проекта «Образование».

Творческий, высокопрофессиональный педагогический коллектив стабильный, 1 педагог имеет звание «Заслуженный учитель РФ», 8 награждены Почетной грамотой Министерства образования и науки, 18 учителей – победители конкурса «Лучший учитель России».

В Лицее реализуется концепция естественно-научного, экономического и информационно-технологического образования, в старших классах созданы профильные классы. Лицей сотрудничает с Дальневосточным Федеральным университетом, Дальневосточным рыбохозяйственным технологическим университетом. 

Совместно с ДВФУ на протяжении 16 лет ежегодно проходит краевая научная конференция по естественным дисциплинам «Творческая молодежь – потенциал российской науки». Совместно с Дальрыбвтузом также ежегодно организован краевой научный форум «Молодежь России: в поисках новых путей в науке XXI века», в котором принимают участие и китайские студенты. В рамках проведения конференций издаются сборники тезисов научных работ участников. Лицеисты активно участвуют в конкурсах, соревнованиях, олимпиадах, интернет олимпиадах различного уровня, в том числе Всероссийских и международных. Сборная команда Лицея по шахматам – дипломант финальных Всероссийских соревнований «Белая ладья», команда Лицея – победитель президентских игр.

Лицей – базовое учреждение Приморского института переподготовки и повышения квалификации работников образования со статусом информационно-методический центр. На высоком методическом уровне проходят семинары, практикумы, организованные для педагогов Приморского края.

Про результатам Единого государственного экзамена Лицей занимает третье место среди образовательных учреждений города Владивостока.